月度归档: 2021年4月

22 篇文章

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
0 前言 在《盘点Grimme迄今对理论化学的贡献》(http://sobereva.com/388)一文中笔者曾简单提到GFN-xTB方法,说白了就是类似于DFTB那种半经验意味的DFT,精度不错普适性也好,对与之耗时相仿佛的半经验方法和DFTB带来了极大的冲击。Grimme开发了名为xtb的专门做GFN-xTB计算的程序。xtb程序用过的人都说…
Gaussian教程 | 计算标准摩尔反应焓和标准摩尔生成焓
摘要:本教程介绍了焓、焓变、标准摩尔生成焓和标准摩尔反应焓的相关概念,并以顺式和反式1,3-丁二烯为例,详细介绍了如何利用Gaussian程序计算反应的标准摩尔反应焓。此外,以HCl分子为例,演示了如何计算分子的标准摩尔生成焓。最后,还演示了如何用原子化法计算生成焓。 基本概念 焓(enthalpy) 在热力学中,焓是用来表征系统的状态参数,当一个…
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
0 前言 虽然在Multiwfn入门贴《Multiwfn入门tips》(http://sobereva.com/167)、Multiwfn手册2.5节中已经讲过应该怎么选择合适的Multiwfn输入文件,但还是有一些初级量子化学研究者搞不明白,由于使用错误的输入文件导致Multiwfn自动退出或得不到想要的结果。另外经常有人问如何产生Multiwf…
通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点
0 前言 福井函数(Fukui function)与双描述符(dual descriptor)是概念密度泛函理论框架下定义的非常流行的用于预测反应位点的方法,笔者之前写过很多相关文章,连同大量相关综述都汇总提供在了这里:《概念密度泛函综述和重要文献合集》(http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html)。如果读…
Gaussian教程 | 搜索过渡态
摘要:本文以1,3-丁二烯的顺反构象异构体转化为例详解了:(1)如何用量化计算软件高斯(Gaussian)的TS、QST2、QST3三种方法来搜索过渡态(Transition state)结构;(2)如何确认过渡态结构;(3)如何构建反应路径以及计算反应能垒等。 ...
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
注:《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443),是绘制分子表面静电势图最完美的解决方案。其中通过脚本,把此文的绘制标准静电势填色的范德华表面图的步骤简化到了极致,只需要用不到本文1/10的步骤和耗时就可以达到比本文更好的效果。建议读者先阅读这篇文章后再读本文…
GAMESS Installation Instructions for Linux
Visit the GAMESS homepage and request a copy of the "64 bit x86_64 under Linux using gnu compilers" source code Download the source code file, gamess-current.tar.gz, using the…
Gaussian教程 | 使用基组和赝势
摘要:本文介绍了基组和赝势的基本概念、基组的表示方法,并举例说明了在Gaussian程序中如何利用gen和genecp关键字为不同的原子指定基组和赝势。 一. 基本概念 1. 基组(basis set) 在量子化学中,基组是指用来描述体系波函数的一组数学函数。 2. 斯莱特型轨道(Slater-Type Orbital,STO) 指的是用斯莱特型函…
Gaussian教程 | 模拟开壳层体系
摘要:对于初学者来说,诸如自旋多重度、闭壳层、限制性模型等量子化学术语的每一个都足以让人望而却步。本教程重点介绍了闭壳层体系、开壳层体系以及自旋多重度、自旋限制模型、自旋非限制模型等相关计算模型的基本概念。并以氧分子基态的计算为例,详细说明了如何利用Gaussian程序进行闭壳层和开壳层体系的计算。 一.基本概念 1. 闭壳层体系(closed s…