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77 篇文章

计算准确的能垒
https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/react/actibar.html 除了研究化学反应的机理细节外,ORCA 还可用于计算准确的能垒,从而以一定的精度预测反应速率。 这里必须清楚,将实验能垒的绝对值与计算的能垒的绝对值进行比较是相当困难的。首先,因为这些“实验”值从来都不是直接测量的,而是经过一…
lammps教程:MS转data文件另外一种简单方法
本文主要介绍使用ms、vesta、ovito软件实现data文件的格式转换,为lammps建模提供了一种简单有效的方法。 前面已经介绍过一种MS转data文件的方法:lammps中data文件的建立 – Steins;Gate 对于MS建立的模型,要想在LAMMPS中被读取运行,就必须转化为LAMMPS可读取的data文件。 除了运用msi2lmp…
variable命令两种不同的使用方式“v_”和”&”的区别
本文介绍variable命令两种不同的使用方式:“v_"和"&"。 在lammps模拟中,variable命令用的相对比较多,可以根据需要定义不同的变量。 在使用自定义变量或者调用自定义变量的时候,lammps给出了两种命令:“v_"和"&"。 这两种命令到底有什么不同,如何选择使用? 下面以Cu拉伸代码为例,讲解这两种方式的区别。…
lammps教程:非晶sio2建模方法
本文介绍非晶sio2的建模方法。 sio2的建模方法有很多,可以下载cif文件使用atomsk转为data文件,也可以直接在ms中导入sio2结构,这些方法建的sio2都是标准的sio2晶体。 如果要建立非晶状态的sio2,就是把排列规则的sio2变成无序排列的sio2。 非晶建模方法有很多,在lammps中,可以通过高温高压的方法打乱sio2的排…
lammps npt系综iso和aniso控压对比
本文讲解lammps基础命令fix npt设置。 关于系综的设置,前面已经介绍过多次,但在咨询中发现,对于大部分初学者来说,对于系综选择和设置还是有些困惑。 fix npt命令名称就可以看出,它的主要作用是对体系进行控温和控压操作。 npt的控温原理与nvt类似,通过调整原子的速度来调整整个体系的温度。 体系压力的控制通过调整box的尺寸进行调节,…
lammps常用的几种控温方式以及实现代码
在阅读论文时,大家应该会注意到,不同的论文在模拟时,可能采用不同的控温方式。 有的是Nose-Hoover,有的是速度标定法,有的同学可能不知道如何用代码实现。 控温的基本原理是通过调节原子的速度达到调节体系温度的目的。 调节原子速度的算法有很多,因此,对应的控温方式有多种。 下面介绍lammps常用的几种控温方式对应的实现代码,只讲代码不讲原理,…
lammps教程:minimize命令使用详解
进行lammps模拟,如果初始模型不合理、原子间距离过近,容易导致体系能量过高,原子速度过快致使原子飞出box。 前文介绍过“delete_atoms”命令可删除重叠或距离过近原子,但在大多数模型中,并不需要删除原子,有些模型也不允许删除原子,这时候就需要用到minimize命令。 1. minimize命令 minimize命令通过力的计算排开距…
lammps教程:boundary命令详解
boundary命令设置box的边界条件,语法比较简单: boundary x y z 参数xyz分别设置该维度的边界条件,最基本的边界条件有四种:p、f、s、m。   lammps支持对同一方向的两个表面设置不同的边界条件,如对y方向下表面设置f边界、上表面设置s边界,可以写为: boundary p fs p 1. 周期性边界:p &…
lammps教程:velocity命令三种使用方法
原子速度在分子动力学模拟中是一个重要的参数,不仅决定了当前时刻体系的温度,也决定了原子在下一个的位置。 速度的设置是分子动力学模拟必不可少的一个步骤。 在lammps中,使用velocity命令设置原子的速度,命令格式为: velocity group-ID style args keyword value ... 其中,group-ID指定哪一组…
没有输出,再好的模拟也没用:dump命令4种用法
虽然lammps模拟没有可视化的前处理和后处理程序,但lammps提供了两种方式输出模拟结果。 thermo和thermo_style命令输出模拟过程中总体系的信息,如体系的温度、势能、动能、压力等结果,但是不能输出单个原子的信息。 lammps提供了dump命令输出单个原子的信息,如原子坐标、受力、原子速度等。 本文主要介绍一下dump命令的使用…