lammps教程:MS转data文件另外一种简单方法

本文主要介绍使用ms、vesta、ovito软件实现data文件的格式转换,为lammps建模提供了一种简单有效的方法。

前面已经介绍过一种MS转data文件的方法:lammps中data文件的建立 – Steins;Gate

对于MS建立的模型,要想在LAMMPS中被读取运行,就必须转化为LAMMPS可读取的data文件。

除了运用msi2lmp转换为LAMMPS支持的data文件,也可以借助vesta软件进行转换。

vesta软件下载:https://jp-minerals.org/vesta/en/download.html

下面介绍MS转data文件借助vesta软件的具体步骤:

(1)ms建模

以石墨烯模型为例,在ms中建立模型,导出为graphite.cif。

(2)vesta格式转换

将文件graphite.cif拖入vesta软件,vesta软件将会显示所导入模型的整体信息。


然后将文件输出为.vasp格式(POSCAR),输出为数据模式,如下图所示:

第一个选项输出比例坐标,第二个选项输出具体坐标。二者选一即可。如图:

(3)ovito转换

将转换的vasp文件导入ovito中,然后输出为data文件。


保存的data数据就可以被in文件读取并进行下一步模拟了。

vesta软件与msi2lmp功能类似,不同的是vesta转换后的data文件没有mass和势参数部分,原子的质量以及所用到的势函数都需要在in文件中重新定义。

当ms建模转data文件失败导致无法使用,或者不需要势参数时,可以试试这种方法。

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