使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
注:《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443),是绘制分子表面静电势图最完美的解决方案。其中通过脚本,把此文的绘制标准静电势填色的范德华表面图的步骤简化到了极致,只需要用不到本文1/10的步骤和耗时就可以达到比本文更好的效果。建议读者先阅读这篇文章后再读本文…
GAMESS Installation Instructions for Linux
Visit the GAMESS homepage and request a copy of the "64 bit x86_64 under Linux using gnu compilers" source code Download the source code file, gamess-current.tar.gz, using the…
Gaussian教程 | 使用基组和赝势
摘要:本文介绍了基组和赝势的基本概念、基组的表示方法,并举例说明了在Gaussian程序中如何利用gen和genecp关键字为不同的原子指定基组和赝势。 一. 基本概念 1. 基组(basis set) 在量子化学中,基组是指用来描述体系波函数的一组数学函数。 2. 斯莱特型轨道(Slater-Type Orbital,STO) 指的是用斯莱特型函…
Gaussian教程 | 模拟开壳层体系
摘要:对于初学者来说,诸如自旋多重度、闭壳层、限制性模型等量子化学术语的每一个都足以让人望而却步。本教程重点介绍了闭壳层体系、开壳层体系以及自旋多重度、自旋限制模型、自旋非限制模型等相关计算模型的基本概念。并以氧分子基态的计算为例,详细说明了如何利用Gaussian程序进行闭壳层和开壳层体系的计算。 一.基本概念 1. 闭壳层体系(closed s…
Gaussian16的安装方法
1 Gaussian的安装 1.1 设置环境变量 假设当前用户名是x,要把Gaussian安装到自己的主目录下,且用的是bash,那么安装过程为: 把Gaussian压缩包解压到/home/x/目录下 建立一个文件夹用于储存Gaussian运行过程中产生的临时文件,位置随意。比如此例我们建立/home/x/Gaussian/tmp。 用vi或者ge…
如何在Ubuntu 20.04 Focal Fossa Linux上安装最小的Gnome
安装Vanilla GNOME 原始的GNOME桌面是纯Gnome外壳,具有最少的已安装软件包和功能。它是GUI应用程序需求最少的服务器的理想选择。 要安装Vanilla GNOME Shell桌面,请从终端执行以下命令: $ sudo apt install gnome-session gnome-terminal $ sudo reboot 安…
Alpine Linux 实现开机自启脚本
安装 rc-service 服务 Alpine使用的是OpenRCinit系统,而rc-service是openrc的一部分,所以安装openrc即可,使用如下命令安装: apk add openrc --no-cache 管理服务 列出所有可用服务 rc-service --list 启动/停止/重启 已有服务 rc-service 服务名 st…
Linux下建立GRE隧道并获取IPv6地址
虽然HE有提供免费的Tunnelbroker,不过那速度实在不怎么样。于是考虑在有IPv6地址托管主机上建立一个GRE Tunnel。 GRE Tunnel需要有内核模块ip_gre支持。远程主机有一段/64的IPv6,我将其中的一段/80分配给自己的机器。 使用iproute2工具。当然,你自己的机器需要有一个公网IPv4地址。 服务器的公网IP…
ipv6 over gre/sit: 通过 6in4 获得 ipv6 地址
前言 最近用旧笔记本装了个 ESXi 当 NAS 用,其中有一个功能是我期待很久的:离线下载,但是当我挂公网 bt 的时候发现速度实在感人,然而由于某种原因 ESXi 的物理网卡接口上又拿不到 ipv6 但是我可以控制的某台机器有一段 /64,所以就开始琢磨着怎么偷一段回来了。 场景描述 RouterA: 有 ipv4 地址 $routerA_wa…