1 Gaussian的安装
1.1 设置环境变量
假设当前用户名是x，要把Gaussian安装到自己的主目录下，且用的是bash，那么安装过程为：
把Gaussian压缩包解压到/home/x/目录下
建立一个文件夹用于储存Gaussian运行过程中产生的临时文件，位置随意。比如此例我们建立/home/x/Gaussian/tmp。
用vi或者gedit等文本编辑器打开/home/x/.bashrc，在里面加入以下语句然后保存文件。
export g16root=/home/x/Gaussian
export GAUSS_SCRDIR=/home/x/Gaussian/tmp
source /home/x/Gaussian/g16/bsd/g16.profile其中，g16root环境变量用来说明Gaussian目录被放在了哪个目录下。GAUSS_SCRDIR环境变量用来说明哪个文件夹作为临时文件夹。source命令用来执行Gaussian自带的脚本文件，其中包含了各种配置Gaussian运行环境的命令。
重新进入终端使以上内容生效（如果你是用Linux图形环境，就关闭终端窗口，然后重新打开。如果你是通过ssh方式登录服务器，就断开连接，然后重新连接服务器）
1.2 切换到$g16root目录，并且解压安装文件
[tom@linuxbox ~]$ cd $g16root
[tom@linuxbox ~]$ tar -zvxf foo.tgz解压后，在/home/tom目录下会生成一个新的目录：g16。
如果安装文件是.tbz结尾，请将tar的参数由-zvxf改为-jvxf：
[tom@linuxbox ~]$ tar -jxf foo.tbz如果安装文件是.tbj或tbJ结尾，请将tar的参数由-zvxf改为-Jvxf：
[tom@linuxbox ~]$ tar -Jvxf foo.tbj具体的安装方法，在安装光盘的REAME里有详细的描述，请仔细阅读。
1.3 完成安装
[tom@linuxbox ~]$ cd $g16root/g16
[tom@linuxbox g16]$ ./bsd/install至此，已经完成安装，可以开始使用Gaussian 16了。
1.4 GaussView 6与Gaussian 16一起安装
方法：先安装Gaussian，再安装GaussView。假设GaussView安装文件为gv.tgz,在安装完Gaussian之后，键入如下命令：
[tom@linuxbox ~]$ cd $g16root
[tom@linuxbox ~]$ tar -zxf gv.tgz总的来说，需要切换到$g16root目录，将GaussView解压到该目录即可。
Tips:
Gaussian目录下的Default.Route用来设定默认用的计算资源（如果没有此文件就新建一个），-M-设置默认用的最大内存量（一般用MB或GB为单位），-P-设置默认用多少CPU核数来并行计算。比如我们想默认用36个核心、最大60GB内存做计算，就在/home/x/g16/Default.Route里面写入以下内容
-M- 60GB
-P- 36
此文件中的设置优先级低于输入文件里的%mem和%nproc设置。因此，输入文件里没写%mem的时候才会用这里的-M-设置，输入文件里没写%nproc的时候才会使用这里的-P-设置（如果你既没在这里设-P-也没写%nproc，那么程序只用单核计算。如果你既没在这里设-M-也没写%mem，那么G09最多用256MB内存，G16最多用800MB内存）。
最后，切换到/home/x/g16/目录，运行chmod 750 -R *命令，之后Gaussian就可以使用了。这里-R *代表对当前目录下所有文件和所有子目录下的文件都设置权限。
友情提示：默认情况下，当Gaussian任务运行中途中断，在GAUSS_SCRDIR环境变量设的临时文件夹里就会残留当前运行时生成的临时文件，文件名是任务的pid号。日积月累，可能此目录下的残留的临时文件体积会巨大，把硬盘占满，导致之后的各种Gaussian任务运行一开始就失败。因此，建议定期把临时文件夹里的内容清空，但不要在有任务运行的时候清理（或者，至少清理的时候别清掉当前任务对应的临时文件。用top或ps命令可以查看pid号）。
PS 1：网上一些乌七八糟的介绍安装Gaussian的文章中还说要设定PATH、LD_LIBRARY_PATH、GAUSS_EXEDIR之类的环境变量，这是完全多余的。打开g16.profile看一眼就知道，这些环境变量在profile文件里都会自动设好，因此按照前文source一遍.profile文件就完事了，根本没有丝毫必要手动去设那些环境变量。本文介绍的绝对是步骤最少而且最正确的安装步骤。
2 Gaussian在Linux下运行的命令
这里顺便提一下Gaussian在Linux下的运行方法。常见有以下几种，test.gjf是输入文件
g16 < test.gjf > test.out （信息都输出到test.out里。末尾可以再加上&令任务在后台运行）
g16 < test.gjf |tee test.out （信息输出到test.out的同时也同时输出到屏幕上）
g16 test.gjf （输出文件将默认为当前目录下的test.log）
以上面第1种或第3种方式运行时，如果你又想把输出信息在屏幕上不断同步显示了，那么可以运行tail -f test.out。
使用SSH远程登录服务器时，如果提交了Gaussian任务，则与服务器连接中断后任务也相应地中断。为了能让任务在断开连接后也能一直在服务器上继续跑完，提交任务时应当写
nohup g09 < test.gjf > test.out &
并且退出时要用exit命令先优雅地断开连接，而不要直接关终端。这样任务就会在服务器上继续跑直到完成。
3 Gaussian运行的几个常见问题
(1)运行时提示files in the gaussian directory are world accessible. this must be fixed
这说明你没做chmod 750 -R *这一步。Gaussian如果发现其可执行文件对于所有用户都可以访问时就不干，这是Gaussian的一个莫名其妙、很固执的地方。
(2)运行时提示Error: illegal instruction , illegal opcode
这说明Gaussian和你的CPU不兼容，确切来说，是你的CPU太老，不支持Gaussian在开发者编译程序的时候使用的指令集。比如Gaussian 16有利用较新的AVX2指令集的版本，也有不利用AVX2指令集的版本，前者运行速度更快。如果你用的是前者，而你的CPU较老，比如是XEON v3及之前系列的服务器CPU，或者你用的是Intel的消费级的CPU而型号是3xxx及之前的，由于不支持AVX2指令集，运行就会报上面的错误。解决方法就是购买非AVX2版的Gaussian 16或者换机子。PS：什么CPU支持什么指令集，可以去看我的硬件资料库，对于Intel的CPU也可以去查Intel ARK（https://ark.intel.com/）。
还有一种情况是你用的是较新的AMD的CPU，比如ZEN2架构的，虽然支持相应的指令集，但由于编译器与CPU架构之间的兼容问题导致以上报错。可尝试在运行Gaussian前通过这行命令定义环境变量：export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge。
(3)运行时该用多少核？
如果你的机子打算只跑一个Gaussian任务，那么建议CPU有多少物理核心就用多少核数来并行，这样最快。如果有n个任务在跑，那么分配给所有任务的核心数加和不应当超过物理核心数。注意，对于采用了超线程(HT)技术的CPU而且管理机子的人没有干出把超线程关闭这种多余的事情的话，逻辑核心数会是物理核心数的两倍。如果你搞不懂这一点，务必看《正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响》。比如，如果你的机子是双路2696v3 CPU，一共有36个物理核心，对应72个逻辑核心，而且你平时只跑一个Gaussian任务，那么Default.Route里的-P-后面应该写36。
注意，当设定的并行核数超过64时，至少对于Gaussian 16 B.01及之前的版本来说，Gaussian一上来就会报错。解决办法是在~/.bashrc里添加比如export OMP_THREAD_LIMIT=256，这样就把并行核数上限提升到256了，因此就可以使用超过64核并行了。
(4)运行时该分配多少内存？
Gaussian里同一个任务可能有不同算法，有的速度快但是耗内存高，有的算法速度慢但是耗内存少，如果你的内存给得足够大，Gaussian往往会自动选择速度最快的算法。而且对于有的算法，当可用内存较大时，计算量就会较小。因此，一般建议是有多少空余物理内存，就分配多少内存给Gaussian。何况，有些任务本身就特别耗内存，内存分配小了则Gaussian根本没法完整执行完此任务，或者程序会自动降低并行线程数来降低内存消耗，使得任务在有限的内存量下得以算完，但显然会因此导致耗时增加。如果你的机子里打算只跑一个Gaussian任务，那么把实际物理内存量中扣除一部分分配给操作系统和后台任务的，其余部分都给Gaussian即可。为稳妥起见，我建议把90%左右的物理内存分配给Gaussian。如果内存分配量超过了空余物理内存，将导致程序运行一开始就会报错，或者程序可能会试图使用虚拟内存（即把相对来说速度很慢的硬盘虚拟成内存来用）而导致计算速度被严重拖慢。如果你要跑多个Gaussian任务，那么所有任务分配的内存量的总和不应当超过空余物理内存量。
给Gaussian分配的内存量是Gaussian对内存使用量的上限，不是说分配多少就都会被占满。诸如普通泛函的DFT单点任务（假设以默认的direct SCF方式运行时），由于其算法原因，注定就占不了什么内存，所以你分配200GB可能实际也只会占用300MB。
PS：有兴趣的读者不妨看看《硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试》，里面有一些关于内存分配量对计算速度影响的测试。
(5)如何在机子里令Gaussian 09和16并存？
比如你把g09和g16都放在了/home/sob下，为了能够令g09和g16都有可能被使用，你可以在.bashrc文件中加入比如以下内容
export g16root=/home/x/Gaussian
export GAUSS_SCRDIR=/home/x/Gaussian/tmp
source /home/x/Gaussian/g16/bsd/g16.profile
export g09root=/home/x/Gaussian
source /home/x/Gaussian/g09/bsd/g09.profile
#export g16root=/home/x/Gaussian
#source /home/x/Gaussian/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=/home/sob/g09/scratch
其中#用来注释，因此凡是前头带#的行，说明此行在当前情况下不生效。因此，当前情况只能用g09而不能用g16。如果你接下来想改用g16，那么就修改.bashrc文件，把g16对应的两行前头的#挪到g09对应的两行的开头，然后保存文件，重新进入终端，此时g09就没法用了，而g16则可以使用了。
由于g09和g16在一些运行环境的配置上是共通的，没有办法同时令g09和g16命令都可以正常使用。
PS：实际上，每次运行bash命令，也会把.bashrc文件里的信息执行一遍，但在前面的叙述中，都是通过重新进入终端来使.bashrc内的信息生效，因为这样做是最保险的。这是考虑到g09或g16.profile的某些命令可能是对环境变量里的内容进行追加，而不是重设。只有重新进入终端，那么当前的环境变量和只执行过一次profile里的配置命令才是相同的，才可以严格确保g09和g16不会在运行时候出现混乱。
(6)我运行formchk命令，怎么提示找不到命令？
这说明你没有严格按照前文的方法配置Gaussian（可能你被网上的一些文章坑了）。
(7)运行一开始提示此类报错怎么回事？
Entering Gaussian System, Link 0=g09
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio – 2.
File name = /sob/g09/scratch/Gau-75009.inp
这说明GAUSS_SCRDIR环境变量所指向的路径（比如当前为/sob/g09/scratch）目前不存在，应当仔细检查路径。另外，如果GAUSS_SCRDIR环境变量指向的是一个虽然存在，但是你没有可读写权限的路径，Gaussian运行时由于没法创建临时文件，显然也会运行失败。
(8)运行一开始报错galloc: could not allocate memory
说明你设Gaussian内存使用量上限过大了，超过了实际可分配的内存量。虽然如前所述，不是你给Gaussian分配多少内存Gaussian就会实际用多少（计算过程中内存实际使用量可以在top命令里看），但是Gaussian会在计算一开始就向系统请求你设的内存量，如果发现没法分配那么多就直接报错